決定佛, 菩薩諸尊的種子, 主要取梵名或真言的首部, 或是取重要的字, 或依義理決定. 因此, 其往住是真言的心髓所在, 所以密宗也將種子字當作真言念誦‧
 
種子字又稱為種字, 種子. 在密教中, 以梵字表記佛, 菩薩諸尊, 這種梵字稱為種子字‧
 
種子是借草本植物的種子為比喻, 喻諸佛菩薩的心要精華, 將能在法 界中, 現起諸佛的無上菩提果‧
 
法界世間的萬象, 都有其普遍的法性與特殊的緣起性. 因此一切萬相的顯現, 即是其特有的名稱. 而諸佛菩薩的名稱, 心要精華等透過彼等的示現, 以單一的梵字顯示, 這就是種子字‧
 
種子字以其具有「自一字可生多字, 多字可賅於一字」之意, 所以, 總體而言有攝持, 引生二種意義. 攝持, 是表示一字中含藏有無量法. 無量義. 引生, 是以一字引生細微的各種功德‧
 
另外種子字還有了因, 生因, 本有三種意義.(1) 了因, 是依種子觀照而了悟佛智, 猶如由煙而認知火的體性; (2) 生因, 是由種子產生三摩耶形等, 譬如由谷類等種子可生出根, 莖, 花, 果等; (3) 本有, 則意謂諸字具有自性之德, 為諸法的根源. 由於有以上的諸義, 所以不限於諸尊, 一切的法門都得以建立種子‧